菲律宾电子护照（e-Passport）的申请流程包括以下步骤：
1、填写护照申请表。
2、将护照申请表上的信息编码到电子护照系统中。
3、拍摄申请人照片。
4、采集申请人电子指纹。
5、取得申请人的电子签名。
6、在处理者保存电子申请以供签署官员批准之前，申请人检查并阅读护照登记系统上的信息。
7、支付电子护照续签费人民币456.00元。
注：遗失护照补办费用为人民币1,140.00元，不包括遗失宣誓书的公证费人民币190.00元。
8、申请以电子方式发送至处理电子护照的马尼拉。
整个申请过程大约需要 10-15 分钟。
由于会采集生物特征（照片、电子签名、电子指纹），申请人在申请新护照时必须亲自到场。
处理完成后，四到六（4-6）周后，建议申请人定期查看使馆微信朋友圈（微信ID：philippineembassy），了解有关PASSPORTS AVAILABLE FOR RELEASE的咨询。或者，申请人可在办公时间内致电（电话号码：6532-1872/6532-2451 本地117、118、128和125）或发送电子邮件至（beijingpe.consular@dfa.gov.ph）使馆查询其护照是否准备发布。护照可以亲自或通过快递领取。如无法亲自领取护照，可安排快递服务，费用由申请人承担。
作为重要提醒，大使馆重申，护照有效期少于六（6）个月的人有无法旅行的风险，因为大多数移民当局认为这些护照不能用于签发出境签证和用于旅行.
因此，大使馆建议每个人在护照到期前至少八到十二 (8-12) 个月申请新护照。
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