据央视新闻客户端消息，国务院联防联控机制于6月9日下午3时召开新闻发布会，国家卫生健康委临床检验中心副主任李金明介绍，出现假阴性涉及的因素较多，可能的原因主要包括以下三个方面：
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一是采样时间问题。患者感染早期采样，病毒在上呼吸道的浓度尚未达到检出核酸的最低量；或者是患者感染时间过长，感染超过10天或本身为无症状感染者及轻型感染者，进入了恢复期，自身已产生抗体，核酸检测为阳性可能性大大降低。
二是质量控制问题。采样不到位未能采集到合格样本；样本采集后运送至实验室之前保存不当；实验室检测过程中试剂仪器不配套、操作错误、室内质控不到位等。
三是数据造假等故意违法违规问题。第三方检测机构夸大检测能力，超能力揽收样本，导致其无法在规定时限内完成任务，进而采取数据造假谎报结果，或通过实验室内再次混合检测样本以减少检测量，导致结果失真。
关于假阳性，主要是由于实验过程技术操作不当造成污染而导致：一是扩增产物的遗留污染，在大规模筛查时样本量大、停人不停机，每轮扩增检测之间的清洁不到位，同时无法保证每个扩增管完全密闭，导致出现假阳性。二是在检测过程中样本之间发生交叉污染，如阳性样本或阳性质控品污染了本来为阴性的样本。此外，还有个别实验室未按照实验室技术操作规程报告结果，将“灰区”可疑阳性按照初检阳性结果上报，但经过复核却为阴性，造成假阳性。
需要说明的是，上述问题有些是实验室操作过程中，较难避免的，其发生有一定的客观性；有些是质量控制不够严格，需要持续改进；有些则属于主观故意，涉嫌违法犯罪，应当予以严厉打击。
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